通過使用近年來才發(fā)展起來的分析和測序技術(shù)，來自Wellcome Sanger研究所、奧斯陸大學(xué)和劍橋大學(xué)的科學(xué)家們建立了糞腸球菌的進化時間軸，糞腸球菌是一種常見的細菌，可引起醫(yī)院的抗生素耐藥性感染。
今天（2021年3月9日）發(fā)表在《自然-通訊》上的結(jié)果顯示，這種細菌有能力非常迅速地適應(yīng)選擇壓力，比如在養(yǎng)殖業(yè)中使用化學(xué)品以及開發(fā)新的藥物，這使得同一細菌的不同菌株出現(xiàn)在全球許多地方，從大多數(shù)人的內(nèi)臟到許多野生鳥類。由于它如此廣泛，研究人員建議人們在進入醫(yī)院時，應(yīng)該像篩查其他超級細菌一樣，對這種細菌進行篩查，以幫助減少在醫(yī)療機構(gòu)內(nèi)發(fā)展和傳播感染的可能性。
糞腸球菌是一種常見的細菌，對于大多數(shù)人來說，這種細菌存在于腸道中，不會對宿主造成傷害。但如果有人免疫力低下，這種細菌進入血液，就會造成嚴重感染。在醫(yī)院里，糞腸球菌的抗生素耐藥菌株比較常見，人們最初認為是現(xiàn)代醫(yī)院廣泛使用抗生素和其他抗菌控制措施導(dǎo)致了這些菌株的產(chǎn)生。
在一項新的研究中，來自Wellcome Sanger研究所、奧斯陸大學(xué)和劍橋大學(xué)的科學(xué)家們利用患者的血流分離物以及動物和健康人的糞便樣本，分析了從1936年至今的約2000份糞腸桿菌樣本。
通過使用牛津大學(xué)納米孔技術(shù)對基因組（包括染色體和質(zhì)粒）進行測序，研究小組繪制了該細菌的進化歷程，并建立了不同菌株的發(fā)展時間和地點的時間表，包括現(xiàn)在發(fā)現(xiàn)對抗生素有抗藥性的菌株。他們發(fā)現(xiàn)，抗生素耐藥菌株的發(fā)展比之前認為的要早，在抗生素廣泛使用之前就已經(jīng)出現(xiàn)了，因此并不是僅僅是抗生素的使用導(dǎo)致了這些菌株的出現(xiàn)。
研究人員發(fā)現(xiàn)，農(nóng)業(yè)和早期的醫(yī)療實踐，如砷和汞的使用，影響了我們現(xiàn)在看到的一些菌株的進化。除此之外，在野生鳥類身上也發(fā)現(xiàn)了類似我們現(xiàn)在在醫(yī)院里看到的抗生素耐藥變種的菌株。這說明了這種細菌在面對不同的逆境時，進化成新菌株的適應(yīng)性和靈活性。
聯(lián)合首席作者、維康桑格研究所副教員Jukka Corander教授說。"這是我們第一次能夠從長達85年的樣本中繪制出糞腸桿菌的完整進化圖，這使我們能夠看到人類生活方式、農(nóng)業(yè)和藥物對不同細菌菌株發(fā)展的詳細影響。如果沒有桑格研究所可以找到的分析和測序技術(shù)，擁有完整的進化變化時間軸是不可能的。"
聯(lián)合首席作者、奧斯陸大學(xué)博士后研究員Anna P?ntinen博士說。"目前，當患者入院時，他們會被采集一些抗生素耐藥細菌和真菌，并被分離出來，以確保感染率盡可能低。得益于這項研究，我們可以仔細觀察糞腸桿菌的多樣性，并找出那些更容易在醫(yī)院內(nèi)傳播，從而可能對免疫力低下的人造成傷害的細菌。我們認為，在入院時也對糞腸桿菌進行篩查可能是有益的。"
